在“解密翻译过程：Ribo-seq技术的革命性发现”中，编辑探讨了Ribo-seq技术在基础研究中的独特优势及核心发现。该技术如何巧妙地串联多组学数据，成为解码生命奥秘的关键纽带呢？今天，尊龙凯时继续为您揭示基因表达的新视角。转录组数据反映mRNA的丰度，而Ribo-seq数据则揭示翻译效率。通过比较两者，研究人员能够定量分析不同基因的翻译效率，进而揭示基因表达的调控机制。例如，某些基因虽然mRNA丰度高，但翻译效率低，这可能是由于翻译抑制因子的调控所致。

研究思路结合案例：2025年3月4日，东京大学医学研究所的Toshifumi Inada团队在《Nature Communications》上发表的研究中，利用RNA-seq和Ribo-seq技术发现，在酵母中，Grr1通过介导Ubp3的降解来维持eS7A单泛素化水平，从而促进HAC1i mRNA的翻译。此外，Grr1还独立于Ubp3和eS7A泛素化，促进HAC1u mRNA的剪接。Grr1的F-box和LRR结构域对其功能至关重要，全面揭示了Grr1在UPR中的关键作用，尤其是在HAC1 mRNA剪接和翻译过程中的调控机制。

在基因表达的复杂调控网络中，非编码RNA（ncRNA）长期被视为“暗物质”，其功能机制尚未完全揭示。随着Ribo-seq技术的兴起，我们可以从全新的视角深入挖掘ncRNA的潜在功能。Ribo-seq能够捕捉核糖体在RNA上的精确位置，包括mRNA和ncRNA。这种联合分析能够检测到某些ncRNA并非完全“非编码”，而是可能参与翻译过程，产生功能性小肽或调控蛋白质合成，从而为揭示小肽的分子机制及功能特性提供了关键切入点。同时，Ribo-seq也揭示了ncRNA通过与核糖体相互作用，调控翻译效率的机制。

研究思路及案例：研究显示，circRNA编码的蛋白在肿瘤进展中发挥重要作用。以胶质母细胞瘤（GBM）为例，这种大脑中常见的恶性肿瘤因其预后不良而备受关注。张弩教授团队通过整合Ribo-seq、circRNA-seq和质谱分析技术，发现GBM中的circ-E-Cad呈现显著高表达，且能翻译生成功能性蛋白C-E-Cad。深入机制研究揭示，C-E-Cad蛋白可通过分泌途径释放至细胞外，与表皮生长因子受体（EGFR）特异性结合，从而显著激活STAT3、PI3K/AKT和MAPK/ERK等多条关键通路。这些级联反应促进肿瘤干细胞的自我更新，推动肿瘤形成和侵袭性生长，为GBM的恶性进展提供了新的分子机制解释。

表观组数据反映基因表达的调控信息，如DNA甲基化和组蛋白修饰等，结合Ribo-seq数据，能够研究表观遗传修饰对翻译效率的影响，以及表观遗传调控在翻译过程中的作用。国自然热点指出，结合Ribo-seq与RNA甲基化的研究是一个新兴领域，能揭示RNA修饰对翻译调控的影响。尤其是m6A修饰，可以直接或间接地影响核糖体与mRNA的结合及翻译效率，从而改变Ribo-seq检测到的核糖体保护片段（RPFs）的分布和丰度。

在与蛋白组学联用方面，Ribo-seq可以帮助解释转录组与蛋白组数据之间的不一致性。蛋白质组数据反映蛋白质的最终表达水平，而Ribo-seq数据则反映翻译的动态过程。通过结合这两者，研究人员能够研究翻译后修饰对蛋白质翻译效率的影响，揭示翻译后修饰的调控机制。

南京师范大学的研究团队针对鱼类大脑在缺氧的适应机制进行了研究，整合了转录组、翻译组和蛋白质组数据，发现缺氧条件下黄颡鱼大脑中2750个基因在翻译水平上显著变化。研究显示，HIF-1信号通路、自噬以及糖酵解等过程在缺氧暴露后显著上调，表明黄颡鱼通过增加上游开放阅读框（uORFs）的翻译来抑制基因的翻译效率，从而适应缺氧环境。

尊龙凯时始终致力于为科研人员提供创新技术支持与一站式解决方案。我们精心打造了一系列组学测序分析服务，涵盖表观组学、转录组学、翻译组学、基因组学、蛋白组学和代谢组学等前沿领域，以帮助您全面解析基因表达调控网络，深入挖掘关键研究靶点及分子机制。我们的服务亮点包括技术咨询、项目方案设计、实验样品制备及建库测序分析，为您提供全流程的专业服务。

尊龙凯时不仅提供测序服务，更注重研究结果的可靠性，为您设计并实施后续验证实验，确保研究成果的科学性与可重复性。无论您是探索基础生物学问题，还是致力于转化医学研究，尊龙凯时都将以专业的技术团队、先进的实验平台和贴心的服务理念，成为您科研路上的坚实伙伴。欢迎有需求的老师联系我们，期待与您的沟通交流！